Prezes UTK jest centralnym organem administracji rządowej, który działa na podstawie przepisów ustawy o transporcie kolejowym.
Szczegółową organizację i podział zadań w Urzędzie Transportu Kolejowego określa:
- załącznik do Zarządzenia nr 159 Prezesa Rady Ministrów z dnia 7 listopada 2017 r. w sprawie nadania statutu Urzędowi Transportu Kolejowego
- zarządzenie Prezesa UTK z 27 lipca 2021 r. zmieniające zarządzenie w sprawie ustalenia Regulaminu Organizacyjnego Urzędu Transportu Kolejowego.