Sposób załatwiania spraw kierowanych do Urzędu Transportu Kolejowego regulują m.in. przepisy ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeksu postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2000 r. Nr 98, poz. 1071 z późn. zm.). Opisane w nim procedury i zasady postępowania tworzą ogólne ramy, według których sprawy są rozpatrywane i załatwiane przez organy administracji.

Tryb postępowania w sprawach, które należą do kompetencji Urzędu Transportu Kolejowego, opisany jest w szczególności w ustawach:

• ustawa z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym ( Dz. U. Nr 86, poz. 789 z późn. zm.) wraz z aktami wykonawczymi;
• ustawa z dnia 31 marca 2004 r. o przewozie koleją towarów niebezpiecznych (Dz. U. Nr 97, poz. 962) wraz z aktami wykonawczymi;
• ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. o systemie oceny zgodności (Dz. U. z 2004 r. Nr 204, poz. 2087) wraz z aktami wykonawczymi;

Powyższe akty prawne normują procedury związanych z ubieganiem się m. in. o:

• świadectwo dopuszczenia do eksploatacji typu budowli i urządzeń przeznaczonych do prowadzenia ruchu kolejowego;
• świadectwo dopuszczenia do eksploatacji typu pojazdu kolejowego;
• świadectwa bezpieczeństwa,
• licencje na prowadzenie działalności gospodarczej polegającej na wykonywaniu przewozów kolejowych osób lub rzeczy albo na udostępnianiu pojazdów trakcyjnych;