W skład Urzędu wchodzą następujące komórki organizacyjne:

1) Biuro Prezesa; 

2) Biuro Administracyjno-Finansowe; 

3) Biuro Współpracy Międzynarodowej; 

4) Departament Praw Pasażerów; 

5) Departament Regulacji Rynku Kolejowego; 

6) Departament Nadzoru; 

7) Departament Bezpieczeństwa Kolejowego; 

8) Departament Zezwoleń Technicznych i Interoperacyjności; 

9) Kancelaria Główna; 

10) Wieloosobowe Stanowisko do spraw Audytu Wewnętrznego; 

11) Stanowisko do spraw Ochrony Informacji Niejawnych; 

12) Stanowisko do spraw Bezpieczeństwa i Higieny Pracy oraz Przeciwpożarowych; 

13) Rzecznik Prasowy.  

 

W skład UTK wchodzą również oddziały terenowe z siedzibą:

1. w Warszawie, działający na obszarze województw mazowieckiego, łódzkiego i podlaskiego,

2. w Lublinie, działający na obszarze województw lubelskiego i świętokrzyskiego,

3. w Krakowie, działający na obszarze województw małopolskiego i podkarpackiego,

4. w Katowicach, działający na obszarze województw śląskiego i opolskiego

5. w Gdańsku, działający na obszarze województw pomorskiego, warmińsko-mazurskiego i kujawsko-pomorskiego,

6. we Wrocławiu, działający na obszarze województw dolnośląskiego i lubuskiego,

7. w Poznaniu, działający na obszarze województw wielkopolskiego i zachodniopomorskiego.