Do podstawowych zadań Urzędu Transportu Kolejowego należą w szczególności:
• regulacja transportu kolejowego;
• licencjonowanie transportu kolejowego;
• nadzór techniczny nad eksploatacją i utrzymaniem linii kolejowych oraz pojazdów kolejowych;
• nadzór nad bezpieczeństwem ruchu kolejowego.
Urząd Transportu Kolejowego został również powołany do monitorowania rozwoju rynku kolejowego, podnoszenia standardów bezpieczeństwa w transporcie kolejowym oraz współpracy z europejskimi instytucjami odpowiedzialnymi za funkcjonowanie i rozwój wspólnego rynku usług kolejowych.