Do podstawowych zadań Urzędu Transportu Kolejowego należą w szczególności:
- regulacja transportu kolejowego,
- licencjonowanie transportu kolejowego,
- nadzór techniczny nad eksploatacją i utrzymaniem linii kolejowych oraz pojazdów kolejowych,
- nadzór nad bezpieczeństwem ruchu kolejowego,
- sprawy związane z interoperacyjnością i spójnością techniczną transportu kolejowego,
- wydawanie licencji i świadectw maszynistów.
Urząd Transportu Kolejowego został również powołany do monitorowania rozwoju rynku kolejowego, podnoszenia standardów bezpieczeństwa w transporcie kolejowym oraz współpracy z europejskimi instytucjami odpowiedzialnymi za funkcjonowanie i rozwój wspólnego rynku usług kolejowych.